Während sich die Gletscher über das Festland schoben, hinterließen sie viele Spuren. Diese können auch heute noch bei einem aufmerksamen Besuch im Geopark entdeckt werden. Ein Gletscher besteht nicht nur aus Eis, sondern bringt beispielsweise auch viele Steine in den unterschiedlichsten Größen mit sich. Je nachdem, wo ein Gletscher ursprünglich herkommt, unterscheiden sich die Steine, die er mit sich trägt. Wenn solche Steine „per Gletscher“ hierher transportiert worden sind, nennt man sie Geschiebe. Der Begriff „Geschiebe“ erklärt ganz gut, wie die Steine ins Emsland gekommen sind: sie wurden vom Eis geschoben. Außerdem trägt ein Gletscher große Mengen an Sand mit sich herum. Wenn der Gletscher oder Teile von ihm schmolzen, floss mit dem Schmelzwasser auch Sand heraus und lagerte sich ab. So konnte sehr viel Sand in das Emsland gelangen.

Obwohl das Emsland sehr flach ist, trifft man hin und wieder auf größere Hügel oder ganze Berge, wie zum Beispiel den Windmühlenberg. Auch diese sind entstanden, weil einmal Eis über dem Geopark lag. Das Vorrücken eines großen Gletschers kann dazu führen, dass die Landschaft vor ihm regelrecht zusammengestaucht wird und sich in die Höhe drückt. Steht ein Gletscher jedoch still, so lagert er im Laufe der Zeit alle großen und kleinen Steine, den Sand und was er noch alles mit sich trägt an genau dieser Stelle ab. Diese Ablagerungen nennt man Moränen. Die Lingener und die Lohner Höhen sind ein Beispiel für vom Eis aufgestauchte Endmoränen.

Schon vor Beginn des Eiszeitalters vor 2,6 Mio. Jahren bis zum Beginn der Saale-Kaltzeit flossen zwei große Flusssysteme durchs Emsland, die man hier eher nicht vermuten würde: aus Südosten transportierte die Ur-Weser Material aus den deutschen Mittelgebirgen ins Emsland. Dazu kamen noch Steine und anderes Material aus Nordosteuropa, das über das gigantische Baltische Flusssystem ins Emsland gelangte. Dies erklärt, warum im Emsland heute noch Weserkies sowie Gesteinsmaterial aus Finnland und Russland gefunden werden kann.